Ders Adı Biyoinformatik
Ders Kodu YBT-405
Dersin Türü Zorunlu
Ders Biriminin Seviyesi Lisans
Yıl 4
Dönem 7.Yarıyıl
AKTS 4
Dersi Veren(ler) Prof. Dr. Mehtap ŞAHİN-ÇEVİK
Dersin Yardımcıları -
Ders İşleme Biçimi Yüz Yüze
Önkoşul Dersleri
Dersin İçeriği Biyoinformatiğin tanımı kapsamı tarihçesi ve kullanım olanakları, otomatik DNA dizileme yöntemleri ve kullanılan istatiksel yöntem ve yazılımlar, internet bazlı veritabanlarına erişim ve veri analiz ve paylaşım yöntemleri, DNA, protein ve diğer biyolojik veri tabanlarının genel özelikleri ve kullanımı, benzerlik temelli algoritmalar (BLAST), çoklu nükleik asit ve aminoasit dizi karşılaştırmaları, filogenetik analiz yöntemleri, yazılımları ve kulanımı, moleküler biyoloji, genetik ve biyoteknolojik analizlerde bilgisayar yazılımlarının özellikleri, kullanımı ve uygulamaları, gen ekspreyonu ve gen eksprasyonundaki değişikliklerin analizinde kullanılan biyoinformatik yöntemler ve yazılımlar, protein analizleri ve bunlarda kullanılan yöntemler ve yazılımlar, yapı karşılaştırmaları ve homolojiye dayalı 3-D protein yapı modellemesinde kullanılan yöntemler yazılımlar ve uygulama alanları, pedigri ve gen haritalama ve gen haritalamada kullanılan yöntemler ve yazılımlar, QTL haritalamada kullanılan yöntemler ve yazılımlar.
Dersin Verildiği Diller Türkçe
Dersin Amacı Bu ders kapsamında bitki biyoteknolojisinde elde edilen verilerin değerlendirilmesi bu amaçla kullanılan yöntemler ve bilgisayar programları hakkında bilgi verilmesi amaçlanmaktadır.
No Dersin Kazanımları  
1 Temel matematik, kimya, fizik, biyoloji ve istatistik alanlarında bilgi sahibi olur.
2 Temel programcılık, bilgisayar ve internet kullanım becerileri kazanır.
3 Alanındaki yeni gelişmelere bilgi teknolojilerini kullanarak erişebilir.
4 Biyolojik araştırmalarda kullanılan yöntemleri öğrenmek, problemleri analiz edip çözme yeteneğine sahip olmak
5 Moleküler biyoloji ile ilgili bilimsel yeniliklere açık olmak ve kendi ilgi alanına uygulayabilmek
DERSİN KAZANIMLARI / PROGRAM YETERLİKLERİ İLİŞKİ MATRİSİ
DKPY1PY2PY3PY4PY5PY6PY7PY8PY9
1
2
3
4
5
5-Çok Yüksek İlişkili 4- Yüksek İlişkili 3-Orta İlişkili 2- Zayıf İlişkili 1-Çok Zayıf İlişkili 0-İlişkisiz
Hafta Konular  
1 Biyoinformatiğin tanımı kapsamı tarihçesi ve kullanım olanakları.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
2 Otomatik DNA dizileme yöntemleri ve kullanılan istatiksel yöntem ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
3 İnternet bazlı veritabanlarına erişim ve veri analiz ve paylaşım yöntemleri.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
4 DNA, protein ve diğer biyolojik veri tabanlarının genel özelikleri ve kullanımı.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
5 Benzerlik temelli algoritmalar (BLAST).
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
6 Çoklu nükleik asit ve aminoasit dizi karşılaştırmaları.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
7 Filogenetik analiz yöntemleri, yazılımları ve kullanımı.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
8 Moleküler biyoloji, genetik ve biyoteknolojik analizlerde bilgisayar yazılımlarının özellikleri, kullanımı ve uygulamaları.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
9 Gen ekspresyonu ve gen ekspresyonundaki değişikliklerin analizinde kullanılan biyoinformatik yöntemler ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
10 Gen ekspresyonu ve gen ekspresyonundaki değişikliklerin analizinde kullanılan biyoinformatik yöntemler ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
11 Protein analizleri ve bunlarda kullanılan yöntemler ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
12 Yapı karşılaştırmaları ve homolojiye dayalı 3-D protein yapı modellemesinde kullanılan yöntemler yazılımlar ve uygulama alanları.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
13 Pedigri ve gen haritalama ve gen haritalamada kullanılan yöntemler ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
14 QTL haritalamada kullanılan yöntemler ve yazılımlar.
  Ön Hazırlık: Ders Notunun ilgili konuları
No Bölüm Öğrenme Çıktısı Katkı Düzeyi
1 Temel matematik, kimya, fizik, biyoloji ve istatistik alanlarında bilgi sahibi olur. 4
2 Temel programcılık, bilgisayar ve internet kullanım becerileri kazanır. 5
3 Hücre biyolojisi, biyokimya, genetik ilkeleri, moleküler genetik ve biyoteknoloji ile ilişkili ilke ve kavramlar hakkında geniş bilgi birikimi edinir. 4
4 Doku kültürü, rekombinant DNA teknikleri, moleküler ıslah ve fermentasyon teknolojileriyle ilgili uygulama becerileri edinir. 3
5 Biyoteknoloji uygulamalarını hem teknik hem de toplumsal boyutlarıyla algılayabilir. 4
6 Hem bağımsız çalışabilme hem de grup çalışmasında yer alma becerisi kazanır. 4
7 Alanındaki yeni gelişmelere bilgi teknolojilerini kullanarak erişebilir. 5
8 Bilim dalı ile ilgili konularda toplumun diğer kesimleriyle iletişim kurabilme becerisi kazanır. 4
9 Bilim dali ile ilgili konularda karşılaşılan sorunların çözümüne yönelik olarak proje yapma ve yürütme becerisi kazanır. 3
Yarıyıl İçi Çalışmaları Sayısı Katkı Payı
Ara Sınav 1 40
Kısa Sınav 0 0
Ödev 1 25
Devam 0 0
Uygulama 0 0
Labaratuvar 0 0
Proje 0 0
Atölye 0 0
Seminer 0 0
Arazi Çalışması 0 0
Sözlü sınav 0 0
Portfolyo 0 0
Doküman İncelemesi 0 0
Performans değerlendirme 0 0
Sunum 0 0
Alan Çalışması 0 0
Vaka Çalışması 0 0
Video Kaydı 0 0
Öz değerlendirme 0 0
Akran Değerlendirme 0 0
Eşleştirme Testleri 0 0
Çoktan seçmeli test 0 0
Kısa Cevaplı test 0 0
Kontrol listeleri 0 0
Dereceleme Ölçekleri 0 0
Zihin Haritalama 0 0
Araştırma yazısı 0 0
Çevrimiçi anket 0 0
Çevrimiçi Kısa sınav 0 0
TOPLAM 0
Yıliçinin Başarıya Oranı 40
Finalin Başarıya Oranı 60
TOPLAM 100
AKTS kredilerinin belirlenmesinde öğrenci işyükü anketlerinden faydalanılmaktadır.
Etkinlik Sayısı Süresi Toplam
Ders Süresi (Sınav Haftaları Hariç) 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi 14 1 14
Ödevler 1 20 20
Sunum 1 1 1
Proje 0 0 0
Laboratuar Çalışması 0 0 0
Arazi ya da Alan Çalışması 0 0 0
Ara Sınavlar 1 16 16
Yarıyıl Sonu Sınavı 1 18 18
İşyükü Saati (30) 0
Toplam İşyükü / Saat 125    
Dersin Akts Kredisi 4    
Ders Notu Öğretim üyesi taafından çeşitli kaynaklar kulanılarak hazırlanan ders notları
Diğer Kaynaklar Öğretim üyesi taafından çeşitli kaynaklar kulanılarak hazırlanan ders notları
Materyal
Dökümanlar Öğretim üyesi taafından çeşitli kaynaklar kulanılarak hazırlanan ders notları
Ödevler Öğrenciler verilen ödevler sayesinde elde edilen bir sekansın hangi programlar kullanılarak nasıl analiz edildiğini öğrenir ve bu analiz sonuçlarının moleküler biyoloji açısından yorumlamasını yapabilecek düzeye gelir.
Sınavlar
Materyal Diğer
Planlanmış Öğrenme Faaliyetleri ve Öğretim Yöntemleri